Hola Lucía,
Las reconciliaciones automáticas del sistema por documentos con la opción "Copiar a" o "Copiar de" no se pueden deshacer. Sólo puedes deshacer las que se hagan de forma manual, por ejemplo una factura y una nota de crédito independientes que se reconcilian manualmente para que no aparezcan cómo partidas abiertas en el saldo.
Un saludo,
Tere